خودرو ساینا مانند سایر محصولات سایپا از سیستم خنک کننده مایع استفاده میکند.این سیستم با گردش مایع خنک کننده در اطراف موتور وانتقال حرارت به رادیاتور،مانع از داغ شدن بیش ازحد موتور میشود.همزمان،بخش تهویه مطبوع خودرو وظیفه دارد هوای خنک یا گرم را برای سرنشینان فراهم کند.